L'amygdale (tonsille palatine) se développe à partir de la deuxième poche. A l'intérieur de la troisième poche se forment une protrusion ventrale (ébauche du thymus, gemma thymica major) et une protrusion dorsale (glande parathyroïde inférieure). Bien que les glandes parathyroïdes inférieures se développent crânialement par rapport aux supérieures, elles se retrouvent plus tard dans une position caudale parce qu'emportées vers le bas par la migration du thymus.
La quatrième poche pharyngienne présente également une protrusion ventrale et une protrusion dorsale. Le corps ultimo-pharyngé et plus tard le thymus se forment dans la protrusion ventrale. Le corps ultimo-pharyngé est intégré dans la glande thyroïde et y livre les cellules parafolliculaires. La glande parathyroïde supérieure se développe à partir de la protrusion dorsale.

Sillons pharyngiens

Le méat acoustique externe qui livre en profondeur le revêtement ectodermique de la membrane tympanique se forme à partir du premier sillon pharyngien. Le matériel du deuxième arc pharyngé prolifère si fortement qu'il s'étend en direction caudale, croît par-dessus les troisième et quatrième arcs pharyngés et fusionne avec le bourgeon cardiaque. Il reste momentanément une cavité tapissée d'ectoderme, le sinus cervical, qui disparaît en règle générale par la suite.