Anomalies affectant l'intestin antérieur post-pharyngien

L'atrésie œsophagienne et la fistule trachéo-œsophagienne ont été abordées dans le cadre de la malformation pulmonaire. Dans l'atrésie œsophagienne, le liquide amniotique ne peut pas s'écouler dans le tube digestif, il s'accumule de manière excessive de liquide dans l'amnios (polyhydramnios).
La sténose œsophagienne siège souvent au niveau du tiers inférieur de l'œsophage. Une hernie hiatale congénitale survient en cas d'un œsophage trop court avec une portion d'estomac tirée dans la cage thoracique.
Dans la sténose infantile du pylore, on observe une hypertrophie principalement des fibres musculaires circulaires de l'estomac au niveau du pylore. Ceci empêche le passage des aliments par le pylore, provoquant des vomissements abondants. On suppose actuellement qu'il ne s'agirait pas d'une malformation congénitale mais plutôt d'un trouble fonctionnel survenant après la naissance.
La muqueuse gastrique peut siéger aussi à d'autres endroits au-dessus de la transition iléon-côlon (hétérotopie de la muqueuse gastrique).