Le cloaque est aplati latéralement et s'étend dans un plan sagittal. Au S14, lors de l'enroulement de l'extrémité caudale du corps, il y a formation d'une cloison, dans un plan frontal, qui croît en direction caudale, dans l'angle entre l'allantoïde et l'intestin postérieur : septum uro-rectal. Elle subdivise le cloaque en un rectum (canal ano-rectal) et un sinus uro-génital primaire. Le septum uro-rectal s'agrandit à proximité de la membrane cloacale et forme le périnée profond (corps du périnée). Du côté de l'ectoderme, on assiste à la formation de la dépression anale (proctodeum). La membrane anale se rompt au S19 et permet ainsi aux anus ectodermique et endodermique de se fondre l'un dans l'autre.
La partie endodermique de l'intestin postérieur est approvisionnée par l'artère mésentérique inférieure, la partie ectodermique par les artères rectales moyenne et inférieure de l'artère iliaque interne.