Avec le déplacement à droite du sinus veineux et du canal AV ainsi que la formation de la veine cave inférieure, on assiste au développement de deux flux sanguins séparés et parallèles. Le flux aortique provient de la veine cave inférieure, passe de l'oreillette droite à l'oreillette gauche, de cette dernière dans le ventricule gauche par la partie gauche du canal AV et est éjecté par une portion de la voie effluente qui devient l'aorte. Le flux pulmonaire circule depuis la veine cave supérieure dans l'oreillette droite et se retrouve ventralement par rapport au flux aortique. Depuis l'oreillette droite, il atteint le ventricule droit par la partie droite du canal AV, s'enroule ventralement autour du flux aortique et se retrouve dans la partie de la voie effluente qui deviendra le tronc pulmonaire. Il débouche à nouveau dans l'aorte en passant par le canal artériel. Dans la suite du développement, une partie du flux pulmonaire sera déviée au travers des poumons en formation vers l'oreillette gauche (animation : développement du tube endocardique).