Les oreillettes droite et gauche se continuent encore l'une dans l'autre, formant ainsi une cavité commune. Il y a formation d'une dépression au niveau du toit de cette cavité, et ce juste sous la voie effluente qui passe par-dessus (S12). Dans la zone de cette dépression (sulcus interatrialis), il va se former un repli à l'intérieur de l'oreillette : le septum primum. Il croît le long d'un axe oblique d'en haut en arrière vers l'avant en bas et se prolonge dans les bourrelets endocardiques dorsal et ventral. Le bord libre du septum délimite le foramen primum. Avant que la cloison ne subdivise complètement la région de l'oreillette en une oreillette droite et gauche, elle est déjà perforée à plusieurs endroits dans son quadrant postéro-supérieur (S15). Les perforations s'étendent et forment le foramen secundum (animation : cloisonnement de l'oreillette).