Le canal atrio-ventriculaire (canal AV) se trouvait jusqu'alors à gauche et conduisait de l'oreillette gauche au ventricule gauche. Il se trouve maintenant déplacé plus à droite jusqu'au milieu du cœur (S14). Le sang peut ainsi circuler aussi bien dans le ventricule gauche que dans le ventricule droit. A l'intérieur du canal AV se forme un anneau mésenchymateux qui se différencie en quatre bourrelets (coussinets) endocardiques (un ventral, un dorsal et deux latéraux) : les bourrelets endocardiques ventral (supérieur) et dorsal (inférieur) croissent l'un en direction de l'autre et fusionnent. Ils forment le septum AV ou septum intermedium qui subdivise le canal AV en un canal droit et un canal gauche (S18).