Vers la fin de la période embryonnaire, les sacs lymphatiques suivants sont déjà en place : les sacs jugulaires pairs (fusion avec les axillaires), les lombaires et iliaques pairs, le rétro-péritonéal impair au niveau de la racine du mésentère, l'ébauche de la citerne du chyle à la hauteur des vertèbres lombaires 3 et 4, ainsi que le canal thoracique. 
Les canaux thoraciques apparaissent par fusion et élargissement de quelques ébauches séparées. On peut les observer déjà chez l'embryon de 16 mm (fin de la 6ème, début de la 7ème semaine) à proximité des veines postcardinales. Le fait que chez les embryons de 19 mm on trouve des connexions avec les veines laisse supposer une origine depuis ces portions des veines postcardinales. Les canaux thoraciques croissent depuis la région thoracique inférieure en directions crâniale et caudale. En direction crâniale, le canal thoracique droit suit l'aorte descendante, croise la ligne médiane et rejoint le sac lymphatique jugulaire gauche. Le canal thoracique gauche, par contre, ne croît que jusqu'au niveau où la veine hémi-azygos se jette dans la veine cave supérieure.
Le canal thoracique droit commence donc au niveau de la citerne du chyle, longe en direction crâniale, croise la ligne médiane et se jette dans l'angle veineux gauche (entre la veine jugulaire interne et la veine subclavière). Il développe des valvules au cours du 5ème mois. Du côté droit se développe le tronc bronchomédiastin, à partir des plexus lymphatiques thoraciques paratrachéaux et internes. Celui-ci va former, avec les vaisseaux lymphatiques situés au niveau des veines jugulaire et subclavière, le canal lymphatique droit et se jeter dans l'angle veineux du même côté.