Au cours de sa croissance, le cerveau se courbe aussi en direction ventrale (S10, S11). Entre le cerveau et le bourgeon cardiaque se forme la dépression buccale tapissée d'ectoderme. Elle est fermée du côté de l'intestin antérieur (pharynx) par la membrane oro-pharyngée dont la partie entodermique est issue probablement de la plaque préchordale. Dans la région entre, d'une part, la zone de réflexion ectoderme-amnios et, d'autre part, le passage vers la vésicule ombilicale, on trouve une collection plus grande de mésoderme condensé, le septum transversum. Ce matériel se trouvait encore crânialement à la cavité péricardique au début du S9 et représentait le passage du mésoderme pariétal au mésoderme viscéral de la lame latérale. Avec le rabattement de l'ébauche cardiaque, il se retrouve en dessous du cœur.