Dérivés de l'endoderme

La plupart des cellules provenant du nœud primitif migrent en direction crâniale. Elles livrent la plaque préchordale, le matériel pour les structures axiales (processus notochordal ou plus tard la notochorde) ainsi que l'endoderme intra-embryonnaire. Les cellules endodermiques se trouvent latéralement au processus notochordal. Elles repoussent l'hypoblaste d'abord en directions crâniale et latérale, plus tard aussi en direction caudale et forment l'endoderme, comme feuillet embryonnaire ventral.
De nombreux auteurs considèrent la plaque préchordale chez l'homme comme d'origine endodermique. Elle est à l'origine, entre autres, de la couche endodermique de la membrane oro-pharangée et du revêtement endodermique de l'intestin antérieur. La plaque préchordale constitue en outre une source importante du mésenchyme céphalique.
L'endoderme livre l'épithélium de tout le canal digestif (à l'exception des dépressions buccale et anale), l'épithélium de l'oreille moyenne (caisse du tympan et trompe auditive), l'épithélium et les glandes de la trachée et de l'arbre bronchique, les cellules alvéolaires des poumons et l'épithélium de la vessie urinaire, de la prostate, de l'urètre et du segment inférieur du vagin. L'endoderme livre aussi le parenchyme de plusieurs organes internes : glandes submandibulaire et sublinguale, tonsilles, thyroïde, parathyroïde, thymus, foie et pancréas.