Les cellules endodermiques, qui ont remplacé l'hypoblaste, recouvrent la vésicule ombilicale des deux côtés de la plaque notochordale. Après que la notochorde se soit détachée de l'agglomérat endodermique, les deux côtés de l'endoderme fusionnent en une couche homogène au-dessus de la vésicule ombilicale.
La ligne primitive s'étend au S6 sur la moitié caudale de l'embryon. Elle atteint sa longueur maximale au S8. Dans les stades suivants, elle est de plus en plus restreinte à la partie caudale de l'embryon. Au S11, il n'en subsiste qu'un petit reste dans l'éminence caudale et qui ne livre que peu de cellules.