Les cellules de l'épiblaste qui, caudalement au noeud primitif, quittent leur agglomérat cellulaire via la ligne primitive se transforment en toutes les lignées de cellules embryonnaires : endoderme embryonnaire, mésoblaste ou mésoderme qui en résulte, cellules germinales primordiales et - depuis la partie la plus caudale - mésoderme extra-embryonnaire. Les cellules restantes de la couche de l'épiblaste se différencient, crânialement au nœud primitif ainsi que dans la région de la notochorde, en neuro-ectoderme (système nerveux) et, dans les autres régions, en ectoderme de surface.
Dans le disque embryonnaire bistratifié, l'hypoblaste se trouve en position ventrale et l'épiblaste en position dorsale (axe dorso-ventral). L'axe crânio-caudal est également défini avec la formation de la zone de prolifération caudale. De nouvelles études indiquent que cet axe est prédéfini déjà par la polarité au sein du zygote. La ligne primitive qui fait suite à la zone de prolifération caudale ainsi que les structures axiales futures (notochorde, gouttière neurale) se situent dans le plan médian. Elles définissent la symétrie bilatérale.