Les muscles des arcs pharyngés sont originaires du mésenchyme para-axial non segmenté de la tête (somitomères). Les muscles oculaires externes proviennent du mésenchyme préchordal. Les cellules pour les muscles de la langue migrent depuis la partie ventro-latérale des somites occipitaux.
En ce qui concerne la musculature des membres, voir Développement des membres, musculature.