Le diaphragme se forme à partir de quatre sources : septum transversum, pli pleuro-péritonéal, tissu musculaire de la paroi corporelle et mésenchyme de la région de l'œsophage.
- L'ébauche du septum transversum se trouve initialement (S12) à la hauteur de C4 et presque en position frontale. Elle est déplacée en direction caudale avec la descente du cœur (et du foie). Au S19, le septum transversum se trouve déjà à la hauteur de T12 et en position transversale (modification de la position et des rapports de grandeur du cœur et du foie). La partie septum transversum située directement sous le cœur livre la partie sternale, la partie costale (conjointement avec le matériel en provenance de la surface corporelle) et une partie du centre tendineux. Le septum transversum est innervé par les fibres des 3ème, 4ème et 5ème nerfs rachidiens formant le nerf phrénique, car se situant initialement à la hauteur des somites cervicaux. Le nerf phrénique court initialement dans le pli pleuro-péricardique.
- Le pli pleuro-péritonéal croît dans le septum transversum depuis l'arrière et le côté et fusionne avec lui. Il s'allonge en avant et vers le côté suite à l'étirement des poumons et des cavités pleurales. Il livre une petite partie au niveau du triangle costo-lombaire.
- Le tissu musculaire issu de la paroi corporelle pénètre dans le pli pleuro-péritonéal étiré et livre, conjointement avec le septum transversum, la partie costale du diaphragme.
Le mésenchyme de l'œsophage livre les piliers du diaphragme (partie lombaire avec les piliers droit et gauche).