Les fentes labiales siègent habituellement à la jonction entre les portions moyenne latérales de la lèvre supérieure (fentes labiales latérales). La fente peut être unilatérale ou bilatérale, elle peut se limiter à la lèvre ou s'étendre aussi au palais primaire. Une variante rare est la fente médiane de la lèvre supérieure.
Les fentes faciales obliques siègent là où normalement le bourgeon nasal latéral fusionne avec le bourgeon maxillaire. Le canal lacrymo-nasal se trouve alors généralement en surface. Les fentes faciales obliques seraient dues aux brides amniotiques résultant de la rupture de l'amnios.
La fente palatine est la conséquence d'une non-fusion ou d'une fusion incomplète des plaques palatines secondaires. La luette bifide en est une forme modérée.