Avec la croissance des hémisphères, la frontière à l'origine transversale entre le télencéphale et le diencéphale est transformée peu à peu en une frontière orientée sagittalement. La partie caudale de la surface médiale des hémisphères recouvre la surface latérale du thalamus. Les deux parties du cerveau sont initialement séparées l'une de l'autre dans les profondeurs du sillon hémisphérique par une couche mince de mésenchyme vascularisé. Le thalamus dorsal s'étend par la suite très fortement en directions dorsale et latérale. Ce faisant, le mésenchyme dans le sillon hémisphérique disparaît. La partie latérale du thalamus fusionne avec la paroi médiale mince de l'hémisphère. Il se retrouve ainsi recouvert par l'épendyme du ventricule latéral (lamina affixa) se trouvant immédiatement ventralement à la fente choroïdienne. Le résultat de cette fusion est que la partie latérale du thalamus se continue dans la partie médiale du corps strié ; le diencéphale et le télencéphale sont donc reliés l'un à l'autre secondairement. C'est ainsi qu'une voie est créée pour le passage des fibres de projection corticales ainsi que pour les autres systèmes de voies de la capsule interne. Entre le télencéphale et le diencéphale, il reste néanmoins une fente transversale au-dessus du 3ème ventricule, remplie de pie-mère : la fissure transverse.