La transition entre le prosencéphale et le mésencéphale est marquée par un rétrécissement relatif, le sillon dien-mésencéphalique. On trouve également un rétrécissement entre le mésencéphale et le rhombencéphale (isthme). Le passage du rhombencéphale à la moelle épinière se trouve dans la région de la flexure cervicale. Au S14, suite à la croissance des deux hémisphères et à l'apparition ainsi d'une frontière nette (sillon télo-diencéphalique ou hémisphérique), il est également possible de distinguer depuis l'extérieur le télencéphale et le diencéphale. Il n'y a pas de segmentation ultérieure du mésencéphale. Dans le rhombencéphale, on distingue maintenant le métencéphale et le myélencéphale.