Il peut arriver que l'ascension du rein soit compromise. Dans ce cas, un rein ou même les deux reins se retrouvent dans un site atypique (ectopie rénale, rein pelvien).
Les pôles inférieurs des deux reins peuvent fusionner lorsque ceux-ci se trouvent encore dans le petit bassin (reins en fer à cheval).
Des anomalies de rotation peuvent également survenir au cours de l'ascension rénale : le bassinet rénal et l'uretère ne subissent pas alors une rotation qui les entraînerait d'une orientation ventrale vers une orientation médiale comme ce serait le cas en situation normale.
Dans la phase précoce du développement, le rein est alimenté par plusieurs branches de l'aorte, qui normalement régressent au profit d'une artère rénale. On parle d'artères rénales surnuméraires lorsque certaines de ces branches persistent.