Les néphrons s'éloignent du hile avec leur ampoule. Suite à cette "ségrégation", il est maintenant possible de distinguer dans le rein : 1) un cortex rénal avec les néphrons ; et 2) une pyramide médullaire (médullaire rénale) avec les tubes collecteurs et les voies excrétoires.
Dans la période fœtale, on peut distinguer jusqu'à 14 lobes rénaux, le terme lobe rénal ou renculus désignant une pyramide médullaire coiffée de sa substance corticale correspondante. Chaque pyramide médullaire se termine, au travers de sa papille, dans un calice rénal. Les lobes rénaux contigus possèdent une région corticale commune, qui se prolonge en tant que colonne rénale jusque dans le voisinage du bassinet rénal. Chez le nouveau-né, les lobes rénaux sont souvent encore prononcés (rein lobaire dans le cas extrême). Les frontières lobaires s'effacent par la suite ; le rein acquiert généralement une surface lisse.