Blastocyste libre (stade 3)

A partir d'environ 32 cellules, il se forme, entre les cellules, des cavités liquidiennes qui confluent progressivement pour faire une cavité unique. On parle alors d'un blastocyste (stade 3), constitué d'un revêtement de cellules (trophoblaste) entourant aussi bien la cavité du blastocyste que la "masse cellulaire interne", l'embryoblaste. Les cellules de l'embryoblaste se trouvent concentrées en un pôle du blastocyste. La cavité du blastocyste forme l'autre pôle de l'espace interne, ce qui résulte en une différenciation polaire. L'embryoblaste se différencie en deux couches, l'épiblaste (à proximité du trophoblaste) et l'hypoblaste (bordant la cavité du blastocyste). L'embryoblaste bistratifié est désigné par le terme de disque embryonnaire. L'épiblaste livre les cellules de l'embryon, et l'hypoblaste les structures extra-embryonnaires. La formation de l'épiblaste et de l'hypoblaste définit aussi l'axe dorso-ventral.
A la fin du stade 3, la membrane pellucide se dissout ("éclosion" du blastocyste). L'embryon a développé avec le trophoblaste une nouvelle enveloppe protectrice. Au niveau du trophoblaste, on peut distinguer un trophoblaste polaire, en contact direct avec l'embryoblaste, et un trophoblaste mural, recouvrant toute la cavité du blastocyste.