Die Kloake wird seitlich abgeflacht und dehnt sich in der Sagittalebene aus. Ab S14, bei der Ausrollung des unteren Körperendes, bildet sich ein frontal eingestelltes Septum aus, das nach kaudal im Winkel zwischen Allantois und Enddarm vorwächst: Septum urorectale. Es unterteilt die Kloake in das Rectum (Anorektalkanal) und in den primären Sinus urogenitalis. In der Nähe der Kloakenmembran vergrößert sich das Septum urorectale und bildet das tiefe Perineum (Corpus perinei). Auf der Seite des Ektoderms entsteht eine Vertiefung, die Afterbucht (Proktodaeum). Die Analmembran reißt im S19 ein, so dass ektodermaler und entodermaler Anus ineinander übergehen.
Der entodermale Abschnitt des Enddarms wird von der A. mesenterica inferior versorgt, der ektodermale von den Aa. rectales media und inferior aus der A. iliaca interna.