Die Lippenspalten treten üblicherweise am Übergang zwischen dem mittleren Abschnitt und den seitlichen Teilen der Oberlippe auf (seitliche Lippenspalte). Die Spalte kann einseitig oder beidseitig auftreten, auf die Lippe beschränkt sein oder sich auch auf den primären Gaumen ausdehnen. Eine seltene Variante ist die mediane Oberlippenspalte.
Die schrägen Gesichtsspalten verlaufen dort, wo der laterale Nasenwulst und der Oberkieferwulst normalerweise fusionieren. Der Ductus nasolacrimalis liegt dann in der Regel an der Oberfläche. Die schrägen Gesichtsspalten sollen durch Amnionbänder, die durch Rupturen des Amnions entstehen, verursacht sein.
Wenn die sekundären Gaumenplatten nicht oder nur teilweise fusionieren, entsteht die Gaumenspalte. Die gespaltene Uvula ist eine milde Form der Gaumenspalte.