Der mediale Teil von jedem Urnierenbläschen vergrößert sich. Seine Wand wird eingedellt, wodurch eine Doppelblattstruktur entsteht, die Capsula glomeruli. Im Raum dieser Kapsel entstehen aus dem lokalen Mesenchym Blutkapillaren in situ. Über die Ausbildung von afferenten Arteriolen erhalten sie Anschluss an die dorsale Aorta. Die efferenten Gefäße haben die strukturelle Charakteristik einer Venole; sie münden in die V. postcardinalis. Die Kapillaren bilden einen Knäuel (Glomerulus). Die Capsula glomeruli wird zusammen mit dem Glomerulus Corpusculum mesonephricum genannt.
Der laterale Teil des Urnierenbläschens wird schlauchförmig ausgezogen (Tubulus mesonephricus oder secretorius) und bildet bald eine S-förmige Schleife. Dies ist das Grundmuster der Bildung von exkretorischen Einheiten oder Nephronen, die aus Corpusculum mesonephricum und Tubulus mesonephricus bestehen.
Bildung und Degeneration des Mesonephros folgen einem kraniokaudalen Gradienten. Zu Beginn der Fetalzeit sind nur noch wenige intakte exkretorische Tubuli vorhanden. Im 2. Monat kann der Mesonephros Urin ausscheiden. Mit der Degeneration verliert er auch seine Ausscheidungsfunktion, die ab der 8. Woche mehr und mehr vom Metanephros übernommen wird.