Capsules des organes sensoriels. Latéralement à la région préchordale se développent d'autres noyaux cartilagineux pour la formation de l'orbite. Le noyau cartilagineux situé le plus rostralement forme l'aile orbitaire ou orbito-sphénoide (ébauche de la petite aile du sphénoïde, S20). Il entoure le nerf optique. Le noyau cartilagineux caudal forme l'aile temporale à partir de laquelle se développe la grande aile du sphénoïde (S20).
Tout autour des fosses olfactives se développent les capsules nasales cartilagineuses. Les deux capsules nasales s'unissent entre elles et au cartilage trabéculaire.
Le mésoderme entourant la vésicule otique forme la capsule otique et connaît déjà une chondrification au S17. La capsule otique se situe latéralement à la plaque basale (région parachordale) et fusionne plus tard avec celle-ci. Lors de la fusion, la région par laquelle la veine jugulaire et les nerfs glosso-pharyngé, vague et accessoire quittent déjà le crâne (foramen jugulaire) reste épargnée. A l'intérieur de la capsule otique, la région à travers laquelle passent les nerfs facial et vestibulo-chléaire (conduit auditif interne) reste ouverte.
L'ossification de la base crânienne cartilagineuse débute à l'âge fœtal de 9 semaines. Néanmoins, de nombreuses zones de liaison entre les différentes ébauches osseuses restent cartilagineuses (synchondroses). C'est ainsi que la base du crâne peut s'adapter à la croissance du cerveau. Chez le nouveau-né, certaines synchondroses sont déjà ossifiées et deviennent alors des synostoses. La jonction entre l'os sphénoïde et la partie basilaire de l'os occipital (synchondrose sphéno-occipitale) reste cartilagineuse jusqu'à la puberté.