Medikamente, Hormone, Drogen, Chemikalien. Aus der großen Vielfalt von schädigenden Substanzen in dieser Gruppe seien nur einige wenige genannt, ohne die Bedeutung der nicht-genannten zu mindern. Übermäßiger Alkoholgenuss der Mutter führt zum fetalen Alkoholsyndrom, das durch kraniofaziale Anomalien, Deformationen der Gliedmaßen, kardiovaskuläre Fehlbildungen und mentale Behinderung charakterisiert ist. Wahrscheinlich sind aber auch schon geringe Mengen von Alkohol schädlich, auch wenn sie in ihrer Wirkung zunächst unbemerkt bleiben. Blutdrucksenkende Mittel vom Typ der ACE-Hemmer (Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitor), die während des mittleren und letzten Drittels der Schwangerschaft gegeben werden, können Wachstumsrückstand, Störung der Nierenfunktion und Oligohydramnion (Verminderung der Fruchtwassermenge) verursachen. Thalidomid (Contergan) schien zunächst ein ungefährliches Medikament zu sein und wurde deshalb in den 50-iger Jahren des 20. Jahrhunderts gerne zur Sedation genommen. Es stellte sich jedoch nach einigen Jahren heraus, dass damit die Fehlbildungen der Gliedmaßen (Amelie und Meromelie) deutlich häufiger wurden. Die kritische Periode für die Störung der Gliedmaßenentwicklung sind die Tage 21 bis 36 nach der Ovulation. Das Medikament scheint bei verschiedenen Spezies unterschiedlich zu wirken. Im Gegensatz zu Primaten scheint es bei Mäusen und Ratten keine Entwicklungsstörungen auszulösen.
Physikalische Faktoren. Ionisierende Strahlen führen in großen Dosen zu Entwicklungsstörungen. Kleine Dosen für diagnostische Radiographien scheinen unbedenklich zu sein. Mechanische Einwirkungen können auftreten bei intrauteriner Kompression und bei Amnionbändern. Letztere entstehen relativ häufig durch Rupturen des Amnions. Sie können verschiedene Fehlbildungen verursachen, u.a. Amputation von Gliedern, Fusion der Finger und Einschnürung der Nabelschnur.