Die Epiblastzellen, die kaudal vom Primitivknoten über den Primitivstreifen ihren Zellverband verlassen, werden in alle embryonalen Zelllinien transformiert: in das embryonale Entoderm, in den Mesoblast bzw. das daraus entstehende Mesoderm, in die primordialen Geschlechtszellen und - aus dem kaudalsten Abschnitt - in das extraembryonale Mesoderm. Die in der Schicht des Epiblasten verbleibenden Zellen werden zum Ektoderm, das sich im weiteren Verlauf der Entwicklung kranial vom Primitivknoten und im Bereich der Chorda dorsalis zum neuralen Ektoderm (Nervensystem) und in den übrigen Bereichen zum Oberflächenektoderm differenziert.
In der zweischichtigen Embryonalscheibe liegt der Hypoblast ventral, der Epiblast dorsal (dorsoventrale Achse). Mit der Entstehung der kaudalen Proliferationszone ist auch die kraniokaudale Achse festgelegt. Nach neueren Untersuchungen ist diese Achse bereits durch die Polarität in der Zygote vorgebildet. Der Primitivstreifen, der auf die kaudale Proliferationszone folgt, und die späteren axialen Strukturen (Chorda dorsalis, Neuralrinne) liegen in der Medianebene. Sie definieren die Seitensymmetrie.