Die Zahnwurzel bildet sich erst dann, wenn die Hartsubstanzen der Krone schon weitgehend fertig sind. Äußeres und inneres Schmelzepithel lagern sich im Bereich ihrer Umschlagfalte eng aneinander und bilden die epitheliale Wurzelscheide (Vagina radicalis epithelialis). Die Zahl der epithelialen Röhren entspricht der Zahl der Wurzeln. Im Bereich der späteren Wurzelspitze biegt sich das Ende der Wurzelscheide nach zentral um und es entsteht ein die Zahnpapille begrenzendes Diaphragma (Diaphragma vaginae radicis) mit einer Öffnung (Porus). Durch diesen Porus steht die Zahnpapille mit der Umgebung über Gefäße und Nerven in Verbindung. Wenn die Wurzelscheide in das Mesenchym vorwächst, entstehen in ihrem Bereich aus dem Mesenchym Odontoblasten, welche das Wurzeldentin liefern. Später wird die epitheliale Wurzelscheide abgebaut.
In der der Zahnanlage zugewandten, inneren Schicht des Zahnsäckchens (Lamina cementoblastica) differenzieren sich die Zementoblasten, die das Zement bilden, welches dem Wurzeldentin aufgelagert wird. Das Zement kommt am Zahnhals mit dem Schmelz in Berührung. Aus der äußeren Schicht des Zahnsäckchens (Lamina osteoblastica) entsteht der Alveolarknochen. Aus dem intermediären Teil des Zahnsäckchens (Lamina periodontoblastica) geht das Periodontium hervor. Die kollagenen Periodontalfasern (Sharpeysche Fasern) verbinden den Alveolarknochen mit dem Zahnzement.