Freie Blastozyste (Stadium 3)

Ab etwa 32 Zellen entstehen Flüssigkeitsräume zwischen den Zellen, die allmählich zu einer einzigen Höhle zusammenfließen. Wir sprechen jetzt von einer Blastozyste (Stadium 3), die aus einem Mantel von Zellen (Trophoblast) besteht, welcher sowohl die Blastozystenhöhle als auch die „innere Zellmasse", den Embryoblasten, umhüllt. Die Zellen des Embryoblasten liegen konzentriert an einem Pol der Blastozyste, die Blastozystenhöhle bildet den anderen Pol des inneren Bereichs, wodurch sich eine polare Differenzierung ergibt. Der Embryoblast differenziert sich in zwei Schichten, den Epiblasten (in der Nähe des Trophoblasten) und den Hypoblasten (angrenzend an die Blastozystenhöhle). Der zweischichtige Embryoblast wird als Embryonalscheibe bezeichnet. Aus dem Epiblast entstehen die Zellen des Embryos, aus dem Hypoblast entwickeln sich extraembryonale Strukturen. Mit der Ausbildung von Epiblast und Hypoblast liegt auch die dorsoventrale Achse fest.
Am Ende von Stadium 3 löst sich die Zona pellucida auf („Schlüpfen" der Blastozyste). Mit dem Trophoblasten hat der Embryo eine neue schützende Hülle entwickelt. Am Trophoblasten kann unterschieden werden der polare Trophoblast, welcher sich in direktem Kontakt mit dem Embryoblasten befindet, und der murale Trophoblast, welcher die Blastozystenhöhle umgibt.